从目前流行的操作系统来看，常用的分区格式有：FAT16、FAT32、NTFS和Ext2。
FAT16：
是MS-DOS和最早期的WINDOWS 95操作系统中使用的硬盘分区格式，采用16位的文件分配表，是目前获得操作系统支持最多的一种磁盘分区格式，几乎所有的操作系统都支持这种分区格式。但它只支持2GB的磁盘容量而且磁盘利用效率低。
FAT32：
采用32位的文件分配表，突破了2GB的限制。与FAT16相比，极大地减少了磁盘的浪费，提高了磁盘利用率。缺点是运行速度比采用FAT16格式分区的磁盘要慢，而且DOS和的WINDOWS 95不支持这种分区格式。
NTFS：
优点是安全性、稳定性非常出色，使用中不易产生文件碎片。并且能对用户的操作进行记录，通过对用户权限进行严格限制，使每个用户只能按照系统赋予的权限进行操作，充分保护了系统与数据的安全。WINDOWS 2000、WINDOWS NT以及WINDOWS XP都支持这种分区格式。
Ext2/Ext3：
是Linux中使用最多的一种文件系统，专门为Linux设计，拥有最快的速度和最小的cpu 占有用率。Ext2既可以用于标准块设备（如硬盘），也被应用在软盘等移动存储设备上。Linux的磁盘分区格式与其它操作系统完全不同，其C、D、E、F等分区的意义也和WINDOWS操作系统下不一样，使用Linux操作系统后，死机的机会大大减少，但是目前支持这一分区格式的操作系统只有Linux。